Sob a denominação de Comissão Permanente de Transferência de Tecnologia (CPTT), presidida pelo Diretor do Instituto de Fomento e Coordenação Industrial (IFI), o então Núcleo de Inovação Tecnológica do Departamento de Ciência e Tecnologia Aeroespacial (NIT/DCTA), hoje, Coordenadoria de gestão da Inovação (CGI/DCTA), concebido pela Lei de Inovação (Lei nº 10.973, de 02.12.2004), foi originalmente constituído pelo antigo Centro Técnico Aeroespacial (CTA) em 1981 e implementado em 1982, em função da execução de um Convênio da Financiadora de Estudos e Projetos (FINEP), gerenciado pelo CNPq, no qual previa a criação de cerca de vinte núcleos vinculados a Universidades e a Centros de Pesquisa e de Desenvolvimento do Brasil, que teriam a finalidade de sintonizar a oferta tecnológica gerada nas instituições públicas com as demandas do setor produtivo do país.

           Subordinado ao Departamento de Ciência e Tecnologia Aeroespacial (DCTA), a Coordenadoria de Gestão da Inovação iniciou seus trabalhos em meados de 2017. No início de 2018, uma alteração qualitativa ocorreu no CGI/DCTA por ocasião da realocação dos grupos de "Propriedade Intelectual"  e "Transferência de Tecnologia" do Instituto de Fomento Industrial (IFI) quando então passaram a integrar esta Coordenadoria residente no DCTA e desde então as competências e a estrutura do organograma vem sendo aprimoradas. A última alteração ocorreu em 2023.